L’isola di San Domino è in prevalenza ricoperta da boscheti di Pino d’Aleppo.
Per la sua fertilità, i monaci benedettini la chiamavano “Orto di paradiso”, dal momento che nascevano fiori d’ogni colore, in modo spontaneo.
Tratti caratteristiche dell’isolotto, le acque limpide, la costa ricca di calette, insenature, scogli (ricordiamo lo scoglio dell'Elefante ed i Pagliai, così chiamati per la loro forma) e numerose grotte, le più famose sono la Grotta del Bue Marino, delle Rondinelle, delle Viole, del Coccodrillo e la grotta delle Murene.
San Domino è, per superficie, la prima isola, non solo dell'arcipelago tremitano, ma dell’intera regione Puglia, oltre ad essere, tra quelle delle Tremiti, la più ricca dal punto di vista paesaggistico e naturalistico.